En el año 1536, don Diego de Almagro, adelantado de Pedro de Valdivia, llegó a estas tierras buscando pacificar un territorio que se encontraba sublevado al igual que el resto de la comarca atacameña. Debido a los episodios sucedidos por la conquista española en las tierras cercanas, los indios habían abandonado sus aldeas llevando a las mujeres y niños hacia sectores más alejados, en las montañas, para evitar los evidentes signos de colonización que se oían venir. Quienes se quedaron en las fortalezas o Pukará intentando defender el territorio debieron enfrentar más de un ataque y sobrevivir a la ocupación territorial en permanente conflicto. Finalmente, Francisco de Aguirre decide poner término al episodio de insubordinación, en 1540, a través de la toma definitiva del Pukará de Quitor, en donde residía el grueso de la población india atacameña de la zona. Una vez ganada la batalla en donde flechas y piedras intentaron la lucha contra rayos luminosos y cortantes cual espadas, Aguirre ordenó degollar a 25 o 300 atacameños, un número aún no esclarecido. Lo cierto es que sus cabezas quedaron expuestas en los muros del pukará hasta la llegada de Don Pedro de Valdivia algún tiempo después.

Este episodio marca un quiebre radical en la historia de la cultura atacameña, desarrollada en los alrededores del Salar de Atacama y el Altiplano.

Se estipula que cerca de finales del siglo XVI debió fundarse San Pedro de Atacama , a partir de la edificación de la iglesia católica y al modo español.

Años después, por el año 1843, el explorador Rodulfo Philippi recorre el lugar describiendo el pueblo:

 

Calles regulares se encuentran solamente cerca de la plaza, que está situada precisamente en la extremidad nordeste de la población; son derechas y se cruzan en ángulo recto. Las casas mejores tienen veredas empedradas. En lo demás de la población hay sólo caminos en vez de calles regulares, y las casas son distantes, rodeadas de huertas y campos, y a veces separadas por un trecho de desierto. Se hallan todas a poca distancia del rio de Atacama, cuyas aguas se agotan por los riegos antes de alcanzar la laguna. Por eso el pueblo tiene más de legua y medio de largo y sin embargo no tiene más de dos o tres mil almas. El mismo Gobernador no podía darme el número con más precisión. Está dividido en cinco «Ayllos» y hay un Alcalde a la cabeza de cada ayllo, cuya insignia es una baston con boton de plata.

La historia de los Atacameños en el Oasis de San Pedro de Atacama y sus alrededores, nos han dejado interesantes vestigios de su riqueza y cosmovisión, apreciables en ruinas, fortalezas y valiosas e impactantes manifestaciones del arte rupestre del período pre-colombino. Lugares que es posible visitar con una adecuada conciencia de la delicadeza de su conservación y perdurabilidad en el tiempo.