San Pedro de Atacama está ubicado en la zona Norte del Desierto de Atacama, en la denominada depresión prealtiplánica, inserto en una gran fosa geomorfológica que se extiende entre la precordillera y el altiplano, y rodeada de un despliegue de salares y volcanes. Existen tres cordones montañosos que favorecen la aridez en el sector y que son parte fundamental de la impresionante escenografía natural que rodea a San Pedro de Atacama. Estos cordones montañosos cumplen el papel de biombos climáticos locales, que impiden el paso de vientos húmedos hacia al sector. La Cordillera de Los Andes, alta y maciza, se puede observar hacia el Este de San Pedro. Con 5.300 m de altitud promedio, integra una cadena de volcanes que en su conjunto presentan un espectacular escenario natural, destacando entre todos el imponente Volcán Licancabur de 5.916 m de altitud. Además los volcanes Puritama, Zapalleri, Lascar (activo), Polar y Socompa, entre otros. Su permanente actividad volcánica se manifiesta en la presencia de fuentes de aguas termales y géiseres, como son las Termas de Puritama y los Géisers del Tatio cercanos a San Pedro. Sobre los 4.000 m.s.n.m. se encuentra el Altiplano, sector de topografía plana donde destacan numerosos conos volcánicos, caracterizándose por la presencia de bofedales; cuencas con aguas superficiales o lagunas en donde se desarrolla abundante vegetación. Este sector forma parte de la gran meseta andina que incluye territorios bolivianos y argentinos, extensión que históricamente sirvió como vía de comunicación entre las comunidades indígenas de la zona. Por su parte, en el límite Oeste de San Pedro de Atacama, está la Cordillera de Domeyko que con sus 3.300 m de altitud promedio construye una pared natural que se extiende de norte a sur, destacando el cerro Quimal con una altura de 4.300 m.s.n.m., que posee un valor sagrado para
San Pedro de Atacama está ubicado en la zona Norte del Desierto de Atacama, en la denominada depresión prealtiplánica, inserto